刚开始将士内心都很恐慌，我于是就亲自犒劳将士，多加抚慰，最终他们感恩我的恩德，从而愿意为我效劳，最终拓跋章的司马丁健等人带领士兵前来投降，我派人前去攻打拓跋章，最终打败了他们，将士们的心才开始慢慢的放下。

在邺城稳固的生活几年后，公元397年，魏军攻陷中山，慕容宝也下落不明，刚开始他们劝我承继大统，我没有同意，后来听说慕容宝还活着，这个讨论才结束，再后来慕容麟从义台来到邺城，劝我说魏朝肯定会来攻打邺城，邺城难以抵挡住北魏的进攻，不如南渡，前往滑台，依附鲁阳王慕容和，招兵买马，集聚粮草，伺机而动。同时慕容和也来信劝我南下，于是我最终同意了慕容麟的主张，于公元398年，从邺城迁到滑县，我自称燕王，正式建立燕国，历史上称为南燕。我同时封慕容麟为尚书令司空，但是因为境内出现一个什么麟，慕容麟认为这是他的祥瑞，于是就像谋反，结果被我发现就将他给处死了。

但是这一年也有个好消息就是魏将贺赖卢带领军队前来投降我们。

同一年，慕容宝从龙城逃到了黎阳，他派黄门令赵思通知慕容钟去迎接他，慕容钟是期望我登上帝位，所以对赵思的到来非常的厌恶，就直接将赵思给放到大牢里面去了。然后派人来告诉我的情况，我听说后，心里是高兴，但是表面上我不得不向大臣征询意见，看看他们是否能真心拥戴我，于是就说我要迎接会慕容宝，结果遭到很多大臣的反对，慕舆护直接想去杀掉慕容宝，于是就和我说要和赵思去看看慕容宝的情况，结果慕容宝听说我已经做上帝位了，于是就提前逃跑了，于是慕舆护又将赵思压回来，因为赵思非常熟悉典章制度，我就想任用他，结果他一口一个他要忠于慕容宝，说我不忠，说的我一时兴起就把他给杀掉了。

苻登刚被姚兴消灭后，他的弟弟苻广就投降了我，我任命他为冠军将军，驻守在乞活堡。结果他听信方士之言，说他会再次中兴，于是就背叛我自立为秦王。并且还派兵打败了慕容钟。结果很多无耻小人就纷纷前去依附苻广，于是我就留慕容和镇守滑台，我亲自率领军队去讨伐苻广，最终战胜了他并且杀了他。

我虽然战胜了苻广，但是却失去了都城滑台，慕容和被手下人出卖，杀掉后投降了北魏。我本来准备攻打滑台，夺回首都，但是韩范劝我不要做，现在魏朝已经进入滑台，必然死守，我们到时候付出惨痛代价也未必能够夺回首都。于是我们就商议去哪里？张华就建议我们去广固，说广固是曹嶷（yi）修建的，非常险峻，易守难攻，足以作为帝王之都。可以派一个能言善辩的人前去游说那边的太守辟闾浑，他从前辜负过国家的恩德，想办法说服他幡然醒悟，如果他执迷不悟等大军到达将他辜负恩德的事情公之于众，在加上大军的压力必然土崩瓦解。占据广固以后，我们养精蓄锐，寻找机会。

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我刚开始由于布局，后来遇到到郎公素，他懂得观察天象来预测吉凶，我就向他求教，并将大臣们的建议告诉他，结果他也建议我去广固，于是我就下定决心前往广固，到广固后，辟闾浑拒绝我入城，于是我就率领军队攻打他，最终攻陷广固，辟闾浑逃出去，我派人追上他并杀了他。

公元400年，我在广固南郊正式称帝。登基后，我大兴太学，招募公卿子弟二百多人为太学生。赵融从长安来到我身边告诉我母亲和哥哥们的死讯以后，我伤心的吐血不止，从而卧床不起，结果慕容达就想谋反，让人攻打端门，殿中帅侯赤眉打开城门接应。中黄门逊进扶着我越过城墙躲在他的家里面，才逃过一难。段宏听说宫中有变，派人来守住四门，我才得以重新入宫，最后杀了侯赤眉等人，慕容达因为害怕就跑到了北魏去了。

当时的东晋朝廷也是乱象不断，所以东晋下面的很多将领如冀州刺史刘轨，襄城太守司马休之等人都来投奔我。所以韩范就认为现在是我们大举扩张的好机会，认为错过这个机会后面我们可能生存都是个难题。

但是其它大臣们都认为东晋的桓玄刚刚得志，不适宜攻打，于是最后就作罢。但是不久，就又听说桓玄失败了，于是我就正式任命慕容镇为先锋，慕容钟为大都督，限定日期准备讨伐东晋，但是可惜的是就在这个时候我却生病了，于是就停止了出兵。

之前我曾经派人长安接我哥哥慕容纳的儿子慕容超，到公元405年的时候，才接回来。但是晚上我做了一个很奇怪的梦，梦见父亲慕容皝和我说，你既然没有儿子，为什么不早点立慕容超为太子，否则到时候又被恶人篡位。醒来后我就和妻子商议，这或许就是神明给我们的暗示吧。于是就下诏立慕容超做皇太子。大赦境内。同月，我就去世了，去世的时候刚好七十岁。去世之前我就和慕容超讲，如今是乱世，我也不希望我的安葬之所为别人所知道，你就对外同时从四个门多抬几口棺材安葬在不同的地方。但是对外谎称安葬于东阳陵。慕容超基本上全部照做了。