吞并并州军后，整个洛阳再无可能威胁董卓的力量。董卓自是威势越大，自领前将军事，封弟董旻为左将军鄠侯，封吕布为骑都尉中郎将都亭侯。李儒劝卓早定废立之计。

八月三十日，董卓在朝会上提出废立之事，并以霍光事为例，自比田延年（谁反对就立刻处死），满朝文武只有尚书卢植站出来抗辩，董卓被顶撞得无言以对，气得罢会。后来董卓还想寻找机会杀害卢植，但被蔡邕、彭伯劝阻，卢植则弃官逃亡。

九月一日，尚书丁宫在崇德前殿主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下御座，解除玉玺印绶并转交给刘协，然后扶刘协正式登基，是为献帝。紧接着，董卓让尚书宣读策文，并弹劾何太后害死董太后的罪责，将其迁入永安宫。

九月三日，何太后被毒杀身亡。董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到雒阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。

九月十二日，朝廷遥封远在幽州的幽州牧兼太尉刘虞为大司马，董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。

九月末，董卓与司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年九月政变时，被定性为叛贼的陈蕃、窦武以及次年在“第二次党锢之祸”中被捕遇害的众多党人平反。刘协准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。

董卓亲近周毖，伍琼，原大将军府官员何颙、郑泰也成为其幕僚。董卓在幕僚们的建议下，亲近士人，征召荀爽、韩融、陈纪等名士入朝为官，其中，蔡邕成为董卓最信任的幕僚。

同时，董卓又选拔大量名士（如：韩馥、刘岱、孔伷、张咨、孔融、应劭、张邈）担任地方太守等要职，甚至不计前嫌，对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守，以示和解。

刚刚统领朝纲，董卓还是想好好做一番事业的，许以士族高官厚禄，而自己的亲信则并未大肆封赏，只是将校而已。。

十月三日，董卓趁着何太后遗体下葬的时候，开启文陵时，使人偷取其中珍宝。