此时，顺治皇帝已经因天花而死，时年仅8岁的玄烨继位，改元康熙，由辅政四大臣索尼、苏克萨哈、鳌拜、鄂必隆主政，其中鳌拜最为跋扈。

公元1667年，康熙亲政，鳌拜仍然不放权，还害死了同为辅政大臣的苏克萨哈。于是，康熙以看摔跤为由，秘密训练侍卫，想要扳倒鳌拜。

经过多日紧张的准备，有一天，康熙召见鳌拜，让侍卫们当场拿下鳌拜。

有一天，康熙召见鳌拜，让侍卫们当场拿下鳌拜，一举铲除了鳌拜的党羽。此时，清朝的统治已经走上正轨。

然而，以吴三桂为首的三藩势力却日渐膨胀。公元1673年，康熙下令命平南王尚可喜、靖南王耿精忠、南云王吴三桂撤藩，吴三桂起兵造反，清廷被打了个措手不及，数月之间六省尽失。

然而，吴三桂已经年老，长子吴应熊一家又在BJ，因此迟疑不前。康熙帝一面调兵遣将，一面处死了吴应熊父子。

在清军的进逼之下，吴三桂日渐力不从心。公元1678年，吴三桂在衡州称帝，国号大周，不久病死。

其孙吴世璠退守云南，兵败自杀。三藩之乱平定后，康熙任用施琅渡海进攻湾台，郑成功之孙郑克塽投降清朝，在湾台设立官署，将湾台纳入中央王朝的掌控之中。

公元1688年，准噶尔部首领噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，并勾结沙俄围攻清军。当时沙俄已经扩张至龙黑江上游，烧杀抢掠，无恶不作。

清军包围了鹅军修筑的雅克萨城，鹅国摄政女大公索菲亚被迫与清军议和，与清朝签订《尼布楚条约》，划定边界，开通贸易，清军可以专心对付准噶尔部。

公元1697年，噶尔丹兵败病死。

到了康熙晚年，清朝吏治腐败，国库空虚，诸子各怀一心，为了储君之位争斗不休。公元1722年，康熙帝驾崩，雍亲王胤禛在一片争议中登上皇位，改年号为雍正。

雍正登基后，下令整顿吏治，追讨亏空，严惩贪官污吏，废除人头税，实行摊丁入亩，改土归流，加强中央集权，并设立军机处，使专制皇权达到顶峰。

雍正在位13年，在康熙、乾隆两朝中处于承上启下的地位。

雍正死后，乾隆皇帝弘历继位，在父祖奠定的基础上，两征金川，两征准噶尔，平定大小和卓叛乱，清缅战争，平定湾台林爽文起义，侵略战争两平库尔喀部。