消息传到京城后，同样后悔不迭的咸丰大帝本想立即派遣吴超越回军平叛，但是很不巧，吴军主力驻扎在济南距离港口有些遥远，无论走海路还是走陆路回军去救上海都注定耗时漫长，难以迅速扑灭上海起义。所以咸丰大帝就采纳了绵愉和麟魁等人的建议，用六百里加急命令在江南大营帮办军务的江苏巡抚许乃钊率军走长江水路救援上海，同时又驳回了吴超越第二次请旨回师的折子。
再接下来，已经被吴超越妖蛾子翅膀彻底搅乱的历史就变得更加混乱了，虽说吴超越帮助清军提前消灭了太平天国的北伐军主力，但也无意中帮助太平军避免了两次派遣援军都被清军全歼的惨痛失败。收到了刘丽川成功拿下上海钱粮重地的消息后，杨秀清也果断派出了本应该北上增援李开芳的太平军曾立昌部从镇江东下，走陆路先到无锡与谢长沙会合，然后再继续东进增援上海。继而杨秀清汲取北伐军孤立无援的教训，又迅速抽调安徽和南京的太平军组织第二支援军，交给林凤翔率领，同样是走陆路攻打丹阳和常州等沿途城池，让清军首围更难呼应。
就这样，本来就乱的苏南形势就更是一片大乱了，虽说许乃钊带着两千清军走水路抢先一步赶到上海，也先后收复了被起义军攻占的宝山和川沙两座县城，但破城乏术，仍然还是拿死守上海城池不出的小刀会起义军毫无办法。同时纪律糟糕的江南大营清军到了上海富庶之地后，又毫不客气的抢了民间不止一把，逼着更多的百姓加入了小刀会起义军，还连累吴老买办也挨了不少骂。
最后，还是在收到了太平军曾立昌部突破清军封锁胜利与无锡太平军会师的消息后，英明神武的咸丰大帝这才下定决心，命令吴超越率军回师上海救援。好不容易盼到这道旨意，吴超越在破口大骂之余也没敢做任何耽搁，马上带着已经在济南就地补充满编的吴军练勇急赴蓬莱登船，结果途中又因为春雨连绵，道路泥泞，行军速度受到影响，让本来就心急如焚的吴超越更是急得嘴角生泡，连去和冯婉贞调情的心思都没有。
拖累吴超越的春雨帮了太平军的大忙，在无锡与谢长沙会师后，获得了补给的太平军曾立昌部继续东进，先在浒墅关一带与周立春会师，一举击溃了被周立春牵制的苏州清军。然后再继续向东开拔时，让曾立昌事前都不敢想象的好事发生苏州城清军竟然根本就没有大力加强苏州城防，曾立昌大喜下马上调整战术计划，果断向苏州城发起进攻，结果只有一个白天时间就成功拿下了苏州城，夺得一处稳定立足地。接着曾立昌留下副手陈仕保守卫苏州城，又令熟悉地形的周立春担任先锋开路，沿吴凇江南岸向上海开拔，沿途又干翻了前来阻拦的娄县清军，突破层层封锁终于在三月二十九这天抵达上海郊区，与周立春会师在了一处。
太平军的抵达当然是瞬间扭转了上海战场的力量对比形势，清军包括吴军练勇在内总数都不到六千人，太平军的援军则足足有万人之众，再加上小刀会起义军的一万多人，在兵力方面处于绝对上风，同时因为邻近诸县的起义军不断加入，数量还在迅速上升中。
再接下来，当太平军向清军营地发起进攻时，魂飞魄散的清军当然是一触击溃，巡抚许乃钊带头逃命，带着清军直接逃向宝山吴淞口，清军水师躲在黄浦江中远远开炮，根本不敢登陆作战，吴军练勇保不容易保下来的漕运粮食也被太平军再次抢走。牢记孙子叮嘱的吴健彰看势不妙，也马上又重新跑回了租界，邓嗣源率领的吴军练勇则被太平军重重包围在了城郊西南处的吴军兵工厂内。
曾立昌也很有头脑，明白不能过于树敌的道理，明知道吴健彰就躲在租界里也没有强闯租界抓人，只是派遣使者进入租界与各国领事交涉联络，表明绝不侵犯租界和允许洋人继续通商的态度，试图通过谈判让各国领事交出吴健彰，同时还拿出了真金白银向洋人购买火器弹药。而洋人方面则一边借口中立暂时拒绝交出吴健彰待价而沽，一边和太平军大做生意大赚银子，与太平军暂时保持了互不侵犯的友好相处，等待局势的下一步变化。
争取让洋人保持中立的同时，太平军没忘记收拾躲在兵工厂里的吴军练勇，先后向吴军兵工厂发起了不下十次的进攻，好在吴军练勇的脚下就是弹药库，弹药十分充足，又有吴超越离开后生产的掷弹筒和手雷可用，依托工事每一次都打退了太平军的进攻。同时在此之前，性格谨慎的邓嗣源已然通过吴健彰在吴军兵工厂内囤积了一批粮食，厂内东南角的低洼处还有一口深井可以汲水，一定时间内不必害怕被太平军四面包围。
如果换成了其他的清军据点，碰上吴军练勇这样扎手的硬钉子，战术灵活的太平军肯定早就是弃而不打，但是没办法，刘丽川已经向曾立昌禀明，这里不但不是吴超越自造洋枪洋炮的作坊，还是吴军练勇的弹药库所在，对太平军和吴超越来说都是同样意义重大。所以即便屡攻不破，曾立昌仍然还是坚决不愿放弃，又迅速拿出了一个作战方案，一边挖掘深壕修筑垒彻底包围吴军兵工厂，一边悄悄挖掘地道直通吴军兵工厂脚下。
对此，曾立昌的另一个副手许宗扬颇有异议，向曾立昌发出警告道：“曾丞相，挖掘地道在敌方围墙下埋设火药，是个攻破妖兵堡垒的好办法，但超越小妖的这些妖兵战斗力非同小可，弹药又十分充足，我们即便炸塌了他们的墙壁，恐怕也很难杀进去全歼妖兵。请丞相三思。”
“不！我们挖地道不是为炸垮了妖兵的工事围墙，是为了炸毁他们建在地下的弹药库！”曾立昌阴声说道：“超越小妖的主力北上攻打李丞相他们，弹药消耗肯定不少，必须要返回上海补给弹药才能继续作战。我们只要炸毁了他的弹药库，他的主力就算回来了，也绝对不是我们的对手了！”
许宗扬恍然大悟，赶紧指挥太平军修筑工事彻底包围吴军兵工厂，同时派遣土营勘探现场地脉，很快就找到了适合挖掘地道的位置，然后太平军又假意修筑攻坚用的炮台，以炮台施工为掩饰立即着手挖掘地道，进度极快…………
如果不是那场晨雨，太平军的战术计划也许很有希望得手，那场雨也不算大，接近黎明时才下起，天色即将全明时，飘洒的雨丝中，一百多个衣衫褴褛的百姓突然出现在了包围吴军兵工厂的太平军阵地附近，遭到太平军士卒的拦截和质问他们的来意时，那群拿着锄头铁刀等简陋武器的百姓中站出了一个三十多岁的中年男子，点头哈腰的要求拜见这里官职最高的太平军首领，还说有大事要禀报太平军的官老爷。