处理完继母的事情，慕容宝又面临着立太子的问题。当初，慕容垂因为慕容宝未确立嗣子，经常为此忧虑。慕容宝庶子清河公慕容会多才多艺，有雄才大略，慕容垂很器重他。慕容宝出兵北伐时，便派慕容会代他掌管东宫之事，总录朝政，待遇和太子一样，从这可以看出慕容垂有让慕容会当继承人的意图。慕容垂去讨伐北魏时，因龙城是旧都，宗庙所在地，又派遣慕容会镇守幽州，将防守东北的重任交给他，还精心选派下属官吏辅佐他，以提高他的威望。慕容垂临终时留下遗令，让慕容会当太子。
可慕容宝却偏爱小儿子濮阳公慕容策，立太子的意图不在慕容会身上。慕容宝的长子长乐公慕容盛自以为他和慕容会同父所生且比慕容会年长，以慕容会先于自己为耻，于是极力称赞慕容策适合当太子，而诽谤慕容会。慕容宝知道后非常高兴，就询问赵王慕容麟、高阳王慕容隆的意见，慕容麟等人都奉承慕容宝的旨意，赞成慕容策当太子。慕容宝于是与慕容麟等人定下计策，册封慕容策的生母为皇后，慕容策为皇太子，慕容盛、慕容会晋升为王。这一决定，为后来的内乱埋下了隐患。
慕容宝继位后，北魏并没有给他喘息的机会。同年（396年），北魏道武帝拓跋珪亲率四十万大军伐燕。魏军先攻并州，慕容垂的弟弟骠骑将军慕容农率军迎战，结果打了败仗，返回晋阳。守将大司马慕舆嵩紧闭城门，拒绝让他进城。慕容农只好率领数千人逃回中山，走到潞川时，又被北魏的追军赶上，除慕容农一人逃回外，其余人马全军覆没。
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慕容宝在东堂召见群臣商议对策。中山尹苻谟说：“北魏军队强盛，千里辗转争斗，乘胜而来，勇气倍增，如果在平原地区作战，他们的声势更强大，恐怕难以抵抗他们，应当选择险要的地方抗拒他们。”中书令眭邃说：“魏军大多是骑兵，军队行动快速、猛烈，但骑兵携带的粮草，不能超过十日，应该命令各郡各县将一千家编为一堡，深挖壕沟，高筑壁垒，清除郊野来对待他们，使魏军来后没粮草，无处得到食物供给，不超过六十日自然计穷而退去。”尚书封懿说：“现在北魏军有十万之众，是天下的劲敌。老百姓即使想集中起来，也不能够自保，这其实是聚集粮草收拢武器来资助强大的敌人，况且动摇民心，向敌人显示自己的软弱。依仗险关抵御敌人，这是上策。”慕容麟说：“魏军现在趁着胜利，士气很高，他们的前锋不可阻挡，应当准备好防守设备，等待魏军疲惫了，然后攻击他们。”慕容宝听了大家的意见，最终采取了慕容麟的主张，修筑城墙，积累粮草，准备长久和敌人对峙。
魏军攻打中山，没有成功，进而占据博陵、鲁口，众守将望风而逃，各郡县都向魏军投降。慕容宝听说北魏内部出现了变乱，以为有机可乘，就率领全部军队出城和敌人作战，步兵十二万人，骑兵三万七千人，驻扎在曲阳、柏肆两地。魏军到了新梁，慕容宝害怕魏军锐利的士气，于是派征北将军慕容隆利用夜晚去偷袭魏军，结果溃败而归。魏军用两车并行的办法排阵而来，两军相持，慕容宝的将士都很惧怕，全军失去锐气。慕容农、慕容麟劝慕容宝返回中山，于是慕容宝就带领军队退去，魏军趁机追击他们，慕容宝、慕容农等人舍弃大部队，只率领二万人奔逃。当时正逢风猛雪大，冻死的人在道路上相互碾压。慕容宝害怕被魏军追上，命令将士扔掉战袍和武器，连一点兵器也未带回来。
这一战，后燕又遭受了重创，丢失了大片领土。而慕容宝的统治，也变得摇摇欲坠。
就在慕容宝被北魏打得节节败退的时候，后燕内部也出现了严重的问题。先是尚书慕容皓谋图杀害慕容宝，让慕容麟当皇帝。慕容皓妻子的哥哥苏泥将这件事告诉了慕容宝，慕容宝派慕容隆去逮捕慕容皓，慕容皓和与他同谋的几十个人砍开城门逃向北魏。慕容麟心里害怕十分不安，用兵威逼左卫将军、北地王慕容精，谋图让慕容精率领禁卫军杀慕容宝，慕容精用正当理由拒绝了他，慕容麟很愤怒地杀了慕容精，逃往丁零。
后来，慕容宝听说北魏军队入侵，就派遣慕容会率领幽州、并州的军队赴中山救援。慕容麟已经叛逃，慕容宝害怕便先夺了慕容会的军权，准备派兵迎接慕容会。慕容麟的侍从段平子从丁零逃回来，向慕容宝报告了慕容麟的情况，说慕容麟在丁零招收兵马，军势强大，阴谋袭击慕容会的军队，向东占据龙城。慕容宝与太子慕容策以及慕容农、慕容隆等人带领一万多人马在蓟与慕容会会合，委派开封公慕容祥守卫中山。
慕容会因为慕容策当了太子，心里很不服气，有怨恨的表情。慕容宝将此事告诉了慕容农和慕容隆，两人都说：“慕容会一个年轻人，单独掌管一方事务，养成了骄傲的习性所致，难道他有其他不轨的行为吗？我们将用礼仪去责备他。”幽州、平州的士兵都感念慕容会的威德，不愿意离开他，都向慕容宝请求说：“清河王天生资质神武，应变的谋略超过常人，我们与他誓同生死，感念王爷的恩惠，勇气倍增。请陛下与皇太子、诸王爷就住在蓟的行宫，派清河王统领我们向魏军进攻，以解除京城的围困，然后就接陛下还都。”慕容宝的近臣都忌妒慕容会的勇略，在慕容宝面前说慕容会的坏话，不允许慕容会带兵出征，慕容会的将士都有怨气。慕容宝的近臣还劝慕容宝杀慕容会，这让慕容会和慕容宝之间的矛盾越来越深。
永康三年（398年），慕容宝在龙城的局势越来越危急。这时候，尚书兰汗派人来迎接慕容宝回城，说愿意拥护他。慕容宝一开始还有些怀疑，不敢盲目进城。过了不久，兰汗又派左将军苏超迎接慕容宝，慕容宝便随苏超回到龙城。可他没想到，这一去，就踏入了一个死亡陷阱。
兰汗其实早就心怀不轨，他把慕容宝迎进城后，就露出了真面目。慕容宝刚进城，就被兰汗杀害，时年44岁。这位曾经的后燕太子、如今的皇帝，就这样结束了他充满争议的一生。他死后，谥号“惠愍皇帝”，庙号“烈宗” 。
参考《晋书》